Крепость является памятником архитектуры XVI века, её строительство началось в 1538 году после вхождения города в состав Османской империи. Она была обнесена высоким земляным валом и глубоким рвом, который никогда не заполнялся водой. Крепость делилась на верхнюю, нижнюю части и Цитадель. Общая площадь - около 67 га. Верхняя часть крепости была самой большой по площади, насчитывала 10 башен и бастионов, на которых были установлены пушки. Здесь располагались лавки, мечети, жилые дома, казармы. Над зданиями казарм вместо крыш был насыпан толстый слой грунта, толщина которого достигала нескольких метров. На протяжении длительного времени, крепостью пытались овладеть многие, но безуспешно и только во время русско-турецких войн XVIII-XIX веков Бендерская крепость была трижды взята русскими войсками. Впервые русские войска взяли Бендерскую крепость штурмом в 1770 году. Вторая русская армия  под командованием генерал-аншефа Петра Ивановича Панина перешла Днестр у села Ягорлык и двинулась к Бендерам. После кровопролитной битвы у села Калфа русские войска пятью колоннами двинулись к крепости и осадили ее. Осада длилась 2 месяца с июля по сентябрь. Несмотря на то, что за первые десять дней осады по крепости было выпущено около 10 тысяч снарядов, турки не сдавали крепость. Из-за бомбардировок в крепости начались пожары. Русские воины обнаружили водопровод, по которому в крепость подавалась вода и перекрыли его. В крепости начали ощущать недостаток воды. Серьезное положение сложилось и у русских. Ощущалась нехватка продовольствия и фуража, начались болезни. К тому же Сенат и Екатерина II были недовольны промедлением и требовали решительных действий. Русская армия стала тщательно готовиться к штурму крепости. К середине сентября было закончено сооружение мины в 400 пудов пороха, взрыв которой должен был послужить сигналом к началу штурма. Штурм начался в ночь с 15-го на 16-е сентября. Вслед за взрывом русские войска тремя колоннами двинулись на штурм. Ворота взорвать не удалось. Войска спустились в ров и по приставным лестницам взобрались на вал. По крепости велся огонь зажигательными снарядами, в ней начались пожары. Бои шли за каждый дом, подвал. Противник сопротивлялся ожесточенно, особенно при обороне казарм, мечетей, складов, дома паши. Но к 8 часам утра сопротивление турок было окончательно сломлено. Взятие  Бендерской крепости обошлось дорогой ценой. Русская армия потеряла свыше 6 тысяч убитыми и ранеными, турки – свыше 5 тысяч. Потери были столь велики, что Екатерина II выразила свое отношение к взятию Бендер следующими словами: «Чем столько потерять и так мало получить, лучше  было вовсе не брать Бендеры». В штурме Бендерской крепости принимал участие полк донских казаков, в котором служил будущий предводитель крестьянского восстания в Поволжье Емельян Пугачев. За храбрость и отвагу при штурме крепости он был награжден именным оружием и ему высочайше пожалован был чин хорунжего.

         Русско-турецкая война 1768-1774 годов закончилась подписанием Кучук-Кайнарджийского мира, по условиям которого Бендерская крепость, как и вся Молдавия, осталась в составе Османской Порты.

         Когда разгорелось восстание под предводительством Емельяна Пугачева, генерал П.И. Панин возглавил войска, идущие на подавление мятежников. Бунт был подавлен, а Пугачев казнен. П.И. Панин принял меры по восстановлению мирной жизни в Поволжских губерниях, воссозданию разрушенных городов и селений, борьбе с голодом.За эти действия он был удостоен от императрицы Екатерины II ордена святого Андрея Первозванного и меча, украшенного алмазами. А за штурм турецкой крепости Бендеры – лишь ордена святого Георгия I степени.

         Турция часто нарушала условия мирного договора и в августе 1787 года объявила России войну. В сентябре 1787 года русская армия под командованием Г.А. Потемкина подошла к Бендерам. Рассчитывая создать эффект многочисленности своих войск, Потемкин приказал растянуть их расположение. Турки неоднократно открывали огонь, но снаряды не достигали цели. Потемкин предъявил ультиматум – сдать крепость без боя, но турки отклонили его. В это время А.В. Суворов одержал блестящую победу над значительно превосходящими силами турок при Рымнике, на юге Молдавии. Потемкин отправил в крепость новый ультиматум. В ночь с 3 на 4 ноября, когда еще не истек срок ультиматума, из крепости поступило сообщение о добровольной капитуляции гарнизона. А утром к роскошной палатке Главнокомандующего князя Потемкина были преподнесены заветные ключи от крепости. 29 декабря 1791 года был подписан Ясский мирный договор, согласно которому в состав Российской империи вошли левобережные районы Приднестровья, а правый берег реки Днестр, в т.ч. и Бендерская крепость, вновь отошли Оттоманской Порте.

         Окончательное избавление Бендер от турецкого гнета произошло с началом русско-турецкой войны 1806-1812 годов. В ноябре 1806 года русская армия   развернула свои войска перед Бендерами. Главнокомандующий армией генерал Казимир Иванович отправил к коменданту крепости парламентера, требуя сдать крепость без боя. 24 ноября 1806 года    Бендерский паша передал ключи от крепости генералу Мейендорфу.

         Международная обстановка в Европе к тому времени очень изменилась. Наполеон готовился к походу на восток и видел вОсманской империи свою союзницу. Перед Россией встала задача быстрого завершения русско-турецкой войны, решение которой было возложено на выдающегося полководца и дипломата М.И. Кутузова. 19 октября 1811 года в Бухаресте начались мирные переговоры с Турцией. Но, зная о готовящемся нападении Наполеона на Россию, Турция пыталась затянуть переговоры. И только благодаря дипломатическому искусству М.И. Кутузова за 26 дней до нападения французской армии на Россию, 16 мая 1812 года был подписан Бухарестский мирный договор. К России отошла территория Днестровско-Прутского междуречья, в т.ч. и город Бендеры. Позже эти земли получили название Бессарабия. С тех пор крепость стала местом расположения   русских войск, которые периодически совершенствовали укрепления, реконструировали и ремонтировали  отдельные сооружения. В 1828 году в центральной части крепости началось строительство церкви Александра Невского, которая была освящена в 1833 году. В 1845 году на территории крепости началось строительство военного госпиталя 1-го класса. К концу ХIХ века крепость превратилась в место дислокации русских войск. Отсюда, из Бендерской крепости, русские войска уходили воевать против войск Наполеона во время Отечественной войны 1812 года, принимали участие в Крымской кампании, участвовали в освобождении балканских народов от турецкого ига в период русско-турецкой войны 1877-1878 годов, участвовали в русско-японской войне, во всех этих кампаниях, принося славу русскому оружию. Многие русские воины сражались и отдавали свои жизни за свободу нашей земли. Их имена высечены на надгробных плитах и мемориалах, расположенных в Крыму, Болгарии, России и здесь, на нашей земле.

         Недалеко от Бендерской крепости сохранилось старинное кладбище. Там нашли свой последний приют воины, сражавшиеся у стен Бендерской крепости в период русско-турецких войн, первой мировой войны, в период Великой Отечественной войны. Здесь покоятся воины различных национальностей. За свою историю существования кладбища на его территории было захоронено 6 тысяч русских воинов, 15 генералов из более чем 150 полков. О том, что большинство из них сражались и погибали за свободу и независимость нашей земли, свидетельствуют надписи на сохранившихся надгробиях. На этом  кладбище были захоронены генерал-майор А.И. Ведемейер, комендант Бендерской крепости в 1829-1831 годах, генерал-лейтенант П.П. Дубельт, войсковой старшина М.Ф. Хоперсков. Бендеры были главной тыловой базой российской армии. Бендерский комендант обеспечивал переправу продовольствия, боеприпасов, оружия, артиллерии во время русско-турецкой войны на Балканах. Судя по всему, именно А.И. Ведемейер в мае 1829 года встречал в Бендерах Николая I, который направился к своим войскам за Дунай, а императрица Александра Федоровна тогда даже жила в Бендерской крепости в доме коменданта. Александр Иванович скончался в 1831 году и остался лежать в Бендерах. Возможно, таково было предсмертное желание самого коменданта, а может, особенно велики были его заслуги перед городом. Ведь тела высших чинов, как правило, после смерти отправляли на родину.

В настоящее время в цитадели крепости располагаются два музея: Музей в пороховом погребе и Музей средневековых орудий пыток.